チームバトルアクションゲーム、「機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.」がさらに進化。2on2の戦場をチームプレイで勝ち残ろう。軍ごとのチーム分けしかできなかった前作に比べ、本作ではどちらのチームでも機体を自由にセレクトできる。プレイヤーはシン・アスカとなり、様々なミッションに挑戦する。他のキャラクターとの相性を変化させ、好きなキャラクターを仲間にしたり、敵を仲間に引き抜いたりすることも可能。覚醒ゲージ50%で発動可能となった「覚醒システム」は、ラッシュ、パワー、スピードの3種類から選択が可能に。2機を動じにロックオンする「マルチロックオン」やMA変化とブーストダッシュが別になった「MA形態への変形」など、遊びの幅も広がった。ネット配信の「機動戦士ガンダムSEED C.E.73?STARGAZER?」の主人公機ストライクノワールも最初から使用可能。パイロットのスウェンも参戦する。
