17年前、アフリカで神の兵と呼ばれた不死身の兵士が米軍によって拿捕された。それは世界で初めて“亜人”の存在が実証された瞬間であった。亜人は病死、事故死等どのような状況下で死亡しようとも即座に身体を再生し、完璧な状態で復活する。それはまさに人類の夢であり、その利用価値は無限に考えられた。その後、亜人は世界で46体、日本では2体が確認。だが、死ななければ分からないという亜人はその性質上、発見が難しく、世界にはもっと多くの亜人がいると推測された。そんな中、高校生の永井圭(声：宮野真守)は、下校中トラックに追突され死亡。しかし、直後に蘇生を果たす。国内3例目の亜人であることが判明した圭は、警察及び亜人管理委員会、さらには賞金を狙うすべての人間から追われる身となってしまう。山奥へと逃げ込んだ圭は、幼なじみの少年・海斗(声：細谷佳正)の力を借り、緊急配備が敷かれた警察の包囲網を突破、さらなる逃走を図る。同じころ、日本国の管理下にあった2例目の亜人・田中(声：平川大輔)が“帽子”と呼ばれる男の幇助により脱走。彼らは直ちに人類へのテロ活動を開始する。亜人管理委員会の責任者・戸崎(声：櫻井孝宏)は、永井圭の捕獲と、亜人たちが起こしたテロ行為の鎮圧に奔走。やがて、手がかりとなる圭の妹・永井慧理子(声：洲崎綾)に目を付けるが、すでにそこには人類への復讐を誓う別の亜人とIBMと呼ばれる謎の黒い物体が侵入していた……。
